Структурных подразделений в образовательной организации нет.
Органы управления МОУ СОШ № 39:
Управление Учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности в соответствии с нормативными правовыми актами Российской Федерации. Единоличным исполнительным органом МОУ СОШ № 39 является Директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью школы.
Коллегиальные органы управления:
1) общее собрание работников школы;
2) педагогический совет;
3) родительский комитет (совет).