История школы №39 берет начало с далекого 1965 года.

1 сентября на торжественной линейке, посвященной открытию школы, стояло 1840 учеников, 44 класса.

В новую школу пришли работать 58 молодых, полных сил учителей.

За 47 лет школа выпустила 3152 ученика 11 классов, из них 69 человек с медалями  (28 – с золотой, 64 – с серебряной).
Среди учеников и выпускников школы:
- 5 победителей Российских предметных олимпиад;
- 11 победителей областных предметных олимпиад;
- 1 призер Олимпийских игр;
- 5 российских и европейских призеров по разным видам спорта.

Первым директором школы был Эйзенман Анатолий Арнольдович, именно он заложил традиции и принципы школы № 39.

В последующие годы её возглавляли Никольская Н.С., Ромин И.В., Колесник И.А., Бурмистров А.К., Банникова А.М.

С 1997 года школу возглавляет Савенкова Тамара Николаевна, Почётный работник образования Российской Федерации.